Algoritmes per a anàlisi de seqüències en bioinformàtica
Información académica
Codi:
52115
Créditos:
4 ECTS
Idioma:
Anglès
Descripció
Aquesta assignatura presenta els principals mètodes per a anàlisi de seqüències en bioinformàtica. S’inclouen com a mínim Viterbi, Baum-Welsch, descodificació posterior, SCFG aplicat al plegament d’ARN, algoritmes de predicció de gens, Infernal (INFERence of RNA ALignment software), algoritmes de predicció d’estructura secundària en proteïnes i algoritmes, perfils de domini, algoritmes HMM i mètodes per a predicció de gens.
Arnau Cordomí
Coordinador
Doctor en Enginyeria Química (UPC)
Llicenciat et Ciències Químiques (UB)
Arnau Cordomí és coordinador acadèmic i professor a ESCI-UPF en l’àrea de Bioinformàtica. Doctor en Polímers i Biopolímers per la Universitat Politècnica de Catalunya (2008) i llicenciat en Ciències Químiques per la Universitat de Barcelona (2001), la seva recerca s’emmarca dins del camp de la bioinformàtica estructural i està centrada en l’estudi de les proteïnes de membrana i, en particular, dels receptors acoblats a proteïnes G (GPCRs), una superfamília de proteïnes de membrana crucial en la comunicació cel·lular i que inclou les dianes farmacològiques més importants. Utilitza eines computacionals en el marc de la bioinformàtica estructural per fer prediccions de com funcionen les proteïnes a nivell molecular. Ha participat en projectes de recerca finançats per diverses institucions públiques i privades. És autor de més de 60 articles en revistes indexades.
Fernando Cruz
Professor
Llicenciat en Biologia (Universidade de Vigo)
Màster en Genètica de Poblacions (Universidade de Vigo)
Doctorat en Biologia Molecular i Genètica (Universidade de Vigo
Fernando Cruz es va doctorar al Departament de Genètica de la Universitat de Vigo. Després va treballar com a investigador postdoctoral durant set anys, al llarg dels quals va adquirir una gran quantitat de coneixements i d’experiència en bioinformàtica, programació i genòmica, primer a l’Smurfit Institute of Genetics (TCD, Irlanda), en segon lloc a l’EBC de la Universitat d’Uppsala (Suècia), en tercer lloc a l’Evolutionary Bioinformatics Laboratory de Lausana (Suïssa) i finalment a l’Estació Biològica de Doñana (EBD-CSIC, Espanya). Des del 2014 és bioinformàtic en genòmica al si de l’equip Ensamblatge i Anotació del Genoma al Centre Nacional d’Anàlisi Genòmica (CNAG).